В 1972 г. окончил лечебный факультет Ереванского медицинского института, в 1984 г. – Высшую школу руководящих работников МВД СССР. Врач, кандидат медицинских наук.
В 1972-1975 гг. работал хирургом в Севанской районной больнице, в 1975-1977 гг. – межрайонный судмедэксперт ( Апаран-Арагац), с 1976г. – начальник больницы в системе МВД, с 1994г. – административный директор Международного реабилитационного центра Красного Креста, с 1995 г. – генеральный директор. В 2001 г. избран председателем Армянского общества Красного Креста.
Мхитара Мнацаканян – почетный профессор Московской академии Европейского университета, почетный профессор Европейского университета, академик Международной академии духовного единства народов мира, действительный член Медико-технической академии РФ, член Академии естественных наук РФ, председатель Межгосударственной правительственной комиссии по борьбе с СПИД-ВИЧ, туберкулезом и малярией в Армении, чемпион СССР по борьбе общества “Буревестник”, мастер спорта, полковник внутренней службы.
Композитор, автор множества произведений.
Награжден почетной грамотой “Отличник здравоохранения” СССР, орденами и медалями бывшего СССР и РА, удостоен благодарственной грамоты Красного Креста.
12 мая 2007 г. избран депутатом НС по пропорциональной избирательной системе от партии “Процветающая Армения”.
6 декабря 2007 г. избран председателем Постоянной комиссии НС по защите прав человека и общественным вопросам.
Женат, имеет двоих детей.